Tomasz z Akwinu urodził się pod koniec 1224 roku lub na początku roku 1225 w rodzinnym zamku w Roccasecca niedaleko Akwinu na terenach historycznego Latium, położonych na południe od Rzymu, które w tamtych czasach należało do Królestwa Neapolu. Był najmłodszym dzieckiem hrabiego Aquino, Landulfa i jego żony Teresy Caracciolo. Hrabia związany był z dworem Fryderyka II Hohenstaufa, który pozostawał w nieustannym konflikcie z kolejnymi następcami swego protektora papieża Innocentego III, co w sposób dość zasadniczy wpłynęło na dzieciństwo i edukację Tomasza. Zgodnie z panującym zwyczajem, jako najmłodszy z rodzeństwa „przeznaczony” został do stanu duchownego. Oczywiście, rodzicie planowali mu pozycję odpowiednią dla jego stanu. W celu realizacji tych planów już w wieku pięciu lat został oddany na naukę do słynnego opactwa benedyktynów na Monte Cassino (nazywanego wówczas San Germano). Znamy mniej więcej program takiej edukacji. Tomasz uczył się tam łaciny na psalmach i z wykorzystaniem któregoś z popularnych podręczników gramatyki, przedmiotów trivium (gramatyka właśnie, retoryka i dialektyka, czyli początki filozofii) i zapewne czegoś z przedmiotów quadrivum (arytmetyka, geometria, astronomia, muzyka). W wyniku kolejnego pokoju w San Germano opactwo zajęły wojska papieskie i w 1239 roku rodzice Tomasza przezornie zabrali syna z Monte Cassino w obawie przed ewentualnymi retorsjami za popieranie Hohenstaufów i wysłali na studia na uniwersytet w Neapolu. Uniwersytet ten założony został przez Fryderyka II bez zgody papieża. Co więcej, cesarz życzył sobie, aby nauczano na nim szczególnie starannie tego, co było zakazane na uniwersytetach, podległych Rzymowi. W ten sposób Tomasz zapoznał się w Neapolu z filozofią Arystotelesa i jej arabskimi interpretacjami. Oprócz tego, kontynuował program poznawania sztuk wyzwolonych, w czym mistrzem był mu znany logik, Piotr z Hibernii.

W Neapolu spotkał Tomasz uczniów św. Dominika – braci kaznodziejów. Powstały na początku XIII wieku Zakon Kaznodziejski (Ordo Predicatorum) podobnie jak Zakon Braci Mniejszych, czyli franciszkanie (Ordo Fratrum Minorum), był pewną nową jakością w całym Kościele zachodnim. Dotychczas bowiem dominował niepodzielnie Zakon Świętego Benedykta (Ordo Sancti Benedicti) ze swoją typowo mniszą Regułą, która powodowała m.in. że zakonnicy nie podejmowali w zasadzie działalności duszpasterskiej, która była domeną biskupów i podległych im kapłanów. Dominikanie przeciwnie – ich głównym celem było głoszenie Słowa Bożego. Nie tylko z aprobatą, ale i pełnym poparciem papieskim wchodzili więc w tę dziedzinę, która dotąd nie była udziałem zakonów. Dodatkową ich cechą było ostentacyjne ubóstwo (skąd pochodzi określenie franciszkanów i dominikanów jako zakonów żebraczych), które wielu drażniło i czasem stawało się argumentem przeciw nim, jako że w społeczeństwie średniowiecznym żebranie stanowiło powód wykluczenia społecznego, a nie kiedy nawet penalizacji. Trudno więc się dziwić matce Tomasza, że zareagowała ostrym sprzeciwem wobec planów syna wstąpienia do dominikanów. Marzyła o karierze kościelnej i widziała go najchętniej jako opata Monte Cassino, następcę wuja Siibalda.

Tomasz jednak wstąpił do dominikanów w 1244 roku i ci natychmiast zdecydowali, że ma kontynuować studia nad arystotelizmem u największego wówczas znawcy tej myśli, także dominikanina, Alberta Wielkiego, który nauczał w tym czasie na Uniwersytecie Paryskim. Tomasz udał się w podróż do Paryża, lecz w okolicach rodzinnych posiadłości został zatrzymany przez braci i przetransportowany do rodzinnego zamku. Matka i bracia imali się różnych metod – od perswazji do przemocy – aby odwieść Tomasza od myśli o dominikanach. Jeden z pomysłów braci był szczególnie widowiskowy i został utrwalony w legendach i na obrazach. Wynajęto bowiem prostytutkę, która miała nakłonić Tomasza do złamania ślubu czystości. Gdy ten zorientował się w jej misji, chwycił płonącą pochodnię i przegonił dziewczynę. Być może po tym wydarzeniu matka ustąpiła i Tomasz podjął przerwaną podróż do Paryża. W sumie Tomasz przetrzymywany był w domu przez rok i prawdopodobnie w tym czasie napisał swoje pierwsze teksty filozoficzne. Były to swoiste wprawki z logiki, zatytułowane: De fallaciis oraz De propositionibus modalibus. Teksty te, których nawet autentyczność niekiedy się kwestionuje, uważa się za bardzo szkolne. Jednakże Józef Bocheński, wybitny logik i znawca dziejów logiki, zwracał uwagę na nowatorski charakter propozycji Tomasza w sprawie logiki modalnej. W każdym razie warto odnotować, że wykształcenie logiczne było w średniowieczu, podobnie jak jest to i dzisiaj, pierwszym etapem studiów filozoficznych.

W 1245 dotarł Tomasz do Paryża i rozpoczął studia u Alberta Wielkiego, z którym w 1248 roku przeniósł się do Kolonii, by w 1252 wrócić na Uniwersytet Paryski jako sentencjariusz, czyli wykładowca słynnych wówczas Sentencji Piotra Lombarda. Wykład tego tekstu i powstający w jego wyniku komentarz był podstawą uzyskiwania stopni akademickich. Powstało wówczas pierwsze obszerne dzieło Akwinaty – Komentarz do Sentencji. W 1256 roku Tomasz został promowany na mistrza. Zanim to nastąpiło wykładał zagadnienia filozoficzne dla dominikanów w konwencie św. Jakuba w Paryżu, w którym zresztą sam mieszkał. W wyniku tych wykładów powstały dwa małe traktaty, w których Tomasz po raz pierwszy zarysował swoją nowatorską wizję bytu, której nie zmienił do końca życia. Te traktaty to De ente et essentia oraz De principiis naturae. Właśnie w pierwszym z nich – dyskutując głównie z Arystotelesem i Awicenną – sformułował Tomasz teorię istnienia jako aktu bytu.

Otrzymanie przez Tomasza tytułu mistrza w 1256 roku i objęcie przezeń katedry wiązało się z falą protestów tzw. mistrzów świeckich, czyli duchownych związanych z paryską kapitułą katedralną (dziś nazwalibyśmy ich księżmi diecezjalnymi), którzy w dominikanach i franciszkanach, nauczających na uniwersytecie, dostrzegali niebezpieczeństwo zachwiania ich dotychczasowej dominacji. Terenem dyskusji była teologia i związane z nią prawo kanoniczne. Powstają teksty kwestionujące mentykancki (żebraczy) charakter dominikanów i franciszkanów oraz podważające ich prawo do działalności duszpasterskiej, w tym do nauczania w Kościele. Tomasz odpowiada dwoma traktatami w obronie zakonów żebraczych. Pierwszy, ściśle polemiczny, wymierzony w tezy głoszone przez Wilhelma z Saint-Amour zatytułowany Contra impugnantes Dei cultum et religionem oraz drugi, bardziej ogólny, pt. De perfectione spiritualis vitae. Uważa się ten traktat za jedną z „najbardziej fundamentalnych prac, jakie w Kościele łacińskim poświecono życiu zakonnemu”. Dziwić może fakt, że spór, jak najbardziej przyziemny, bo o stanowiska na uniwersytecie, toczył się na terenie teologii, ale wskazuje to na pewien charakterystyczny rys społeczeństwa średniowiecznego, w którym pierwszą i rozstrzygającą dziedziną kultury była właśnie teologia. Ustalenia w niej dokonane przekładały się na wszystkie pozostałe dziedziny życia, dlatego tak wiele różnych konfliktów bynajmniej nie teologicznych czy religijnych przenosiło się na teren teologii i dlatego też rozstrzygnięć szukano w teologii. Ale konflikt ten nie ograniczał się jedynie do pisemnych polemik – organizowano strajki studenckie i tumulty, wymierzone wprost w Tomasza z Akwinu, gdyż jego kolega z katedry „franciszkańskiej”, Jan Fidanza, czyli św. Bonawentura, uzyskawszy także w 1256 roku tytuł mistrza, nie zdążył objąć swojej katedry uniwersyteckiej, bo jeszcze w tym samym roku został wybrany na generała zakonu. W tej sytuacji Tomasz znalazł się w położeniu nie tylko niezręcznym, ale wręcz niebezpiecznym. Reagując na to przełożeni zakonni zdecydowani o skróceniu regencji Tomasza na katedrze (były kadencyjne i trwały 4 lata) i polecili mu przenieść się do klasztoru dominikanów w Valenciennes. Tu Tomasz układa ratio studiorum (program studiów) dla całego zakonu oraz rozpoczyna pisanie Summa contra Gentiles, nazywanej często Summą filozoficzną, gdyż zamiarem Akwinaty w tym dziele było wykazanie racjonalności prawd wiary chrześcijańskiej w oparciu o samą tylko filozofię bez odwoływania się do objawienia chrześcijańskiego.

W latach 1260 i 1261 Tomasz przebywał w Neapolu, kontynuując pisanie Summy filozoficznej oraz szeregu mniejszych prac teologicznych. W 1261 roku nowo wybrany papież Urban IV zaprosił Tomasza oraz szereg innych uczonych do swego zamku w Orvieto, pragnąc tam stworzyć akademię nauk, która scalając wysiłki uczonych pomagałaby im w pracy naukowej. Inicjatywa ta nie przetrwała pontyfikatu Urbana IV, który zmarł w 1264 roku; jeszcze w tym samym roku Tomasz opuścił Ovieto i udał się do konwentu dominikanów pw. św. Sabiny w Rzymie. Czas spędzony na dworze papieskim był jednak bardzo owocny. Oprócz tego, że udało mu się tam skończyć Summę filozoficzną, to tam poznał Wilhelma z Moerbeke, który na prośbę Akwinaty dokonywał nowych przekładów pism Arystotelesa na łacinę lub dokonywał rewizji istniejących tłumaczeń, korzystając wprost z greckich oryginałów. Trzeba bowiem pamiętać, że łacińskie wersje pism filozoficznych Arystotelesa docierały do łacinników od Arabów i były tłumaczone z ich języka na łacinę. Przekłady zaś arabskie powstały z wersji syryjskich lub perskich. Nic więc dziwnego, że po uzyskaniu greckich oryginałów niezbędne było przynajmniej zrewidowanie istniejących wersji łacińskich. Na dworze papieskim Tomasz spotkał się także zapewne z pierwszym uczonym z ziem polskich – astronomem Vitelonem (ok. 1230 – 1280/1314).

Tomasz, będąc lektorem teologii dworu papieskiego, stworzył szereg komentarzy do poszczególnych ksiąg Pisma św. Także tam, na osobistą prośbę papieża, ułożył liturgię na uroczystość Bożego Ciała, którą ten papież wprowadził w Kościele bullą Transiturus 11 sierpnia 1264 roku. Na wspomnianą kompozycję składały się nie tylko czytania i modlitwy odmawiane podczas liturgii eucharystycznej i uroczystej procesji, ale także modlitwy i czytania brewiarzowe. Dziś – po licznych reformach i skrótach – z tego ostatniej niewiele zostało, jednak piękne hymny i antyfony z tego brewiarza stały się w Kościele popularnymi pieśniami eucharystycznymi, np. sekwencja Lauda Sion Salvatorem („Chwal, Syjonie, Zbawiciela”), hymn Pange lingua („Sław, języku, tajemnicę”) czy hymn eucharystyczny Verbum supernum prodiens („Z nieba stąpiło słowo Ojca”), którego ostatnie dwie zwrotki, zaczynające się od słów „O zbawcza Hostio, godna czci” śpiewa się przy wystawieniu Najświętszego Sakramentu. Z imieniem św. Tomasza wiąże się też popularna do dziś pieśń eucharystyczna, zaczynająca się od słów Adoro te devote („Zbliżam się w pokorze”). Także na prośbę papieża Tomasz przygotował szereg materiałów do unii z Kościołem wschodnim, o którą Urban IV usilnie zabiegał, znajdując zrozumienie u cesarza bizantyjskiego Michała VIII Paleologa. Do zawarcia unii nie doszło wówczas z powodu niespodziewanej śmierci papieża 2 października 1264 roku.

Po śmierci papieża Urbana, jak wspomniano, Tomasz przeniósł się do Rzymu, podejmując się z początkiem roku 1265 organizacji Studiów Generalnych Zakonu Kaznodziejskiego. Na nowej uczelni podjął zajęcia, czego owocem były komentarze oraz zapisy dyskutowanych kwestii. Tam też powziął zamiar stworzenia podręcznika teologii – Summy teologii – i napisał pierwszą jej część. Akwinata pomyślał swoją Summę, jako alternatywę dla królujących w dydaktyce uniwersyteckiej od dobrych kilkudziesięciu lat Sentencji Piotra Lombarda. Tomasz uważał, że nieuporządkowane pod względem dydaktycznym sentencje, wykładane ponadto przez kilka lat powodowały określone trudności w studiowaniu, z jednej strony z powodu swego charakteru antologii tekstów patrystycznych z drugiej zaś z tego powodu, że przychodząc na studia adept teologii „wpadał” w akurat przerabianą księgę Sentencji.

Summa teologii jest najobszerniejszym i najdojrzalszym dziełem św. Tomasza. Pisał ją Tomasz od 1266 roku do śmierci i nie ukończył. Tak jak większość nieukończonych prac Akwinaty, Summa została ukończona przez jego uczniów. Zazwyczaj tomiści nie uznają tych uzupełnień, jednak robi się wyjątek dla suplementu Summy, który – według znanego wyrażenia Grabmanna – został zredagowany przez Reginalda z Piperno „przy pomocy kleju i nożyczek z wyciętych kawałków komentarza do Sentencji”. Zwraca się też uwagę, że Tomasz, zmieniając miejsce pobytu zmieniał też plany dotyczące swego dzieła oraz jego „adresata”. Początkowo miał to być podręcznik dla poczatkujących teologów dominikańskich w konwencie św. Sabiny. W Rzymie Akwinata zdołał ukończyć pierwszą część dzieła, realizującą ten zamiar. Przeniósłszy się na Uniwersytet Paryski, a potem Uniwersytet w Neapolu, dalsze części dzieła kierował do bardziej zaawansowanych studentów i stanowią one, jak słusznie napisał Weisheipl „szczytowe osiągnięcie Tomasza, sięgającego po rozwiązania nowych i starych problemów i uzbrojonego w najlepsze zdobycze swego wieku”.

Samo dzieło możemy więc podzielić następująco: 1) etap rzymski (cześć I) – filozofia i teologia Boga; 2) etap paryski (część druga podzielona na dalsze dwie części) – filozofia człowieka; 3) etap neapolitański (część trzecia) – chrystologia, teologia moralna i sakramentologia (do sakramentu pokuty); 4) suplement – ciąg dalszy sakramentologii i rzeczy ostateczne. Warto też zwrócić uwagę na pomysł dydaktyczny Akwinaty w tym dziele, który polegał na przeniesieniu do podręcznika struktury dysputy uniwersyteckiej. Oczywiście „mini dyskusje” stanowiące poszczególne artykuły Summy są skrótowe i całkowicie „sztuczne”, ale zredagowane przez Tomasza tak, aby padły najważniejsze argumenty związane z daną tezą, przytoczone zostały najważniejsze wypowiedzi skrypturystyczne, patrystyczne i filozoficzne na dany temat, często kontrowersyjne, wzajemnie wykluczające się, a co najważniejsze – przeciwne do poglądu głoszonego przez Tomasza, np. przy artykule dotyczącym istnienia Boga, dwa przytoczone kontrargumenty są po dziś dzień sposobem kwestionowania istnienia Boga, jest to mianowicie tzw. argument naturalistyczny, mówiący, że wszystkie zjawiska obserwowane w przyrodzie można wyjaśnić za pomocą działań natury bez potrzeby odwoływania się do Boga oraz argument z istnienia zła na świecie, które przeczy dobroci Boga, stanowiącej przecież Jego istotowy atrybut. Budowa artykułu była więc następująca: najpierw padała teza – pytanie, sformułowana zazwyczaj tak, że jej potwierdzenie stanowiło odpowiedź Tomasza, np. „Czy jest Bóg?” (An Deus sit?). Zanim jednak ta odpowiedź następowała, podały argumenty przeciwne (zarzuty – obiectiones), wprowadzane zazwyczaj wyrażeniem „wydaje się, że nie” (videtur quod non). Po grupie tych argumentów (dwóch, najczęściej trzech, a czasem czterech) przytaczany był argument (zazwyczaj jeden) podważający te zarzuty, wprowadzony słowami „lecz przeciw” (sed contra). Potem następowała odpowiedź, wprowadzana słowami respondeo dicendum (dosłownie: „odpowiadam, że należy powiedzieć”). Dopiero po starannym wyjaśnieniu własnego stanowiska, Tomasz osobne miejsce poświęcał na odpowiedzi na sformułowane zarzuty, numerując odpowiedzi: ad 1), ad 2, ad 3). Ta metoda miała dwa cele: służyła budowaniu erudycji słuchaczy, a także uczyła ich odróżniania, rozumowania i doboru argumentacji. Prowadziła też dobrego zapamiętania głoszonej tezy przez co słusznie nazwać ją można „mnemotechniką umysłową”.

Kilka uwag musimy jeszcze poświęcić strukturze teologii św. Tomasza z Akwinu. O miejscu w niej filozofii napisano już bardzo wiele – był to tzw. teologia spekulatywna, w której filozoficzne podstawy stanowiły jej integralną cześć i jak mawiał Gilson, teologowie XIII wieku byli filozofami, ponieważ byli teologami. Odnosi się to także, a może nawet w sposób szczególny do Tomasza z Akwinu. Jednakże w Summa theologiae szczególne miejsce zajmuje jeden z działów filozofii i nie jest to filozofia Boga, lecz filozofia człowieka. Jej Tomasz poświęca mniej więcej połowę całego dzieła. To wyjątkowe usytuowanie antropologii filozoficznej w teologii jest wyjątkowe i wskazuje na to, że dla Akwinaty to człowiek jest centrum zainteresowania teologicznego, gdyż to on jest adresatem słowa Bożego.

W 1269 roku Tomasz został ponownie powołany na dominikańską katedrę teologii na Uniwersytecie Paryskim. Ta czteroletnia kadencja była okresem najintensywniejszej pracy naukowej Akwinaty. Powstało w tym okresie kilkadziesiąt mniejszych i większych prac, których rozmiar w sumie jest naprawdę imponujący. Szczególną uwagę poświęcił w tym czasie Tomasz poprawnej interpretacji pism Arystotelesa, co było związane z wystąpieniem na Wydziale Sztuk Sigera z Brabancji i Boecjusza z Dacji – autorów tzw. awerroizmu łacińskiego. Opierając się na pismach Awerroesa, wśród których dominowały komentarze do Arystotelesa, głosili oni szereg poglądów filozoficznych, wymierzonych wprost w prawdy religijne, np. kwestionowali indywidualną egzystencję człowieka po śmierci. Tomasz uważał, że Arystoteles nie głosił takich tez i wobec tego należy jego filozofię interpretować w duchu ujęć jego samego, nie zaś z platońskimi i neoplatońskimi modyfikacjami. Dlatego tak wiele uwagi w tym czasie poświęcił Tomasz Arystotelesowi. Pojawia się tu nawet ciekawy moment: oto Akwinata, będący samodzielnym mistrzem i kierownikiem (regensem) katedry na Wydziale Teologii, podejmuje się prowadzenia wykładów z pism Arystotelesa na Wydziale Sztuk i to skierowanych do początkujących studentów (ad litteram), które były zazwyczaj prowadzone przez młodszych nauczycieli (baccalarius). Wykłady te bowiem polegały nie tyle na interpretacji Stagiryty, co na wyłożeniu i wyjaśnieniu jego tekstu. Tomasz, wzorując się na komentarzach Awerroesa, które zresztą cenił, doszedł do mistrzostwa w przedstawianiu doktryny Arystotelesa, polegającym na interpretowaniu szczegółowych tez w perspektywie całej księgi, całego dzieła, całej filozofii Arystotelesowskiej. Pamiętać przy tym należy (o czym często zapominano), że Tomaszowy wykład filozofii Arystotelesa jest arystotelizmem, a nie tomizmem. Własnej doktryny, także filozoficznej, doktryny Tomasza należy szukać w innych jego dziełach, między innymi w Summie teologii i kwestiach dyskutowanych.

Lata 1268 – 1272, okres tzw. drugiej regensury paryskiej, w czasie którego powstała m. in. najobszerniejsza, antropologiczna, druga część Summy teologii, a także większość komentarzy do tekstów Arystotelesa, szereg kwestii dyskutowanych, był najintensywniejszym okresem pracy intelektualnej w życiu Tomasza. Korzystał on w tym czasie z zastępu sekretarzy i pomocników, i zdarzało się, że dyktował kilka różnych tekstów jednocześnie. Kadencja na katedrze w Paryżu skończyła się w 1272 roku i tym razem bez przeszkód dotarł Tomasz do dawno już przeznaczonej dla niego katedry teologii na uniwersytecie w Neapolu. Rozpoczął tam pisanie trzeciej, ścisłe teologicznej części Summy oraz wykańczał pozaczynane prace. W wielkim poście 1273 roku wygłosił szereg kazań „dla ludu” w rodzimym dialekcie neapolitańskim. Zadziwia, że Tomasz operował językiem swego dzieciństwa i do tego potrafił w nim przestawiać zagadnienia religijne i teologiczne. Warto bowiem zwrócić uwagę na te kazania. Zawierają wykład credo, komentarz do „modlitwy Pańskiej” i „pozdrowienia anielskiego”, wykład dziesięciu przykazań. Głoszone były dla ludzi niewykształconych (nie operujących „uczoną” łaciną), ale poziom intelektualny podejmowanej w nich problematyki wydaje się niebywale wysoki. Świadczy to o wysokim poziomie świadomości religijnej i dużym zasobie wiedzy teologicznej u ludzi średniowiecza oraz wysiłkach „duszpasterskich”, aby tę wiedzę u wiernych utrwalać i rozwijać.

Na św. Mikołaja, 6 grudnia 1273 roku Tomasz doznał dziwnego przeżycia, po którym zaprzestał pracy. Wywołało to zdziwienie i nawet lekką panikę w klasztorze, bo nagle Akwinata przerwał swoją nadal bardzo intensywną pracę pisarską. Współcześni widzieli w tym cud. Miał Tomasz zobaczyć Trójcę Świętą i to miał być dla niego widok tak wspaniały, że całe swoje dzieło intelektualne porównał do słomy. Dziś próbuje się dociec medycznego aspektu wydarzenia z 6 grudnia 1273 roku. Niektórzy w nim widzą udar mózgu lub wylew krwi do mózgu. Nie jest to wykluczone, zwłaszcza że wszyscy podkreślają, że był krańcowo wymęczony intensywną pracą w poprzednich latach. Niektórzy uważają, że po prostu organizm Tomasza zużył wszystkie swoje siły. Nie bez znaczenia jest też fakt, że Akwinata był człowiekiem otyłym, bez wątpienia wiązały się z tym pewne dolegliwości, a może nawet choroby. W każdym razie, w takim stanie dotarło do Akwinaty wczesną wiosną 1274 roku polecenie papieskie, aby udał się na sobór powszechny do Lyonu. Tomiści i dominikanie chcą widzieć w tym zaproszenie Akwinaty do konsultowania podejmowanej na soborze sprawy unii z Kościołem wschodnim. Niektórzy nawet uważają, że czekał nań tam kapelusz kardynalski, zwłaszcza że otrzymał go uniwersytecki „kolega” Tomasza z zakonu franciszkańskiego – św. Bonawentura. Prawda może być jednak zgoła inna. Zaczęto powoli przygotowywać „rozprawienie się” z arystotelizmem i chciano mieć Tomasza na soborze, aby go w pierwszej kolejności potępić, jako największego arystotelika tamtym czasie, zwłaszcza że Bonawentura swój kapelusz kardynalski otrzymał jeszcze przed wyruszeniem na sobór, co było widomym znakiem, kto na tym soborze ma być konsultantem teologicznym (Bonawentura zmarł pod koniec obrad tego soboru, w tym samy 1274 roku). Tomasz na sobór nie dotarł. W pierwszych dniach marca, przechodząc zresztą przez rodzinne okolice rodu Aquino, siedząc na koniu uderzył głową w wystający konar drzewa tak mocno, że spadł na ziemię. Poczuł się na tyle źle, że wstrzymano podróż i umieszczono chorego w domu jego siostrzenicy Franceski w zamku Maenza. Stan Tomasza ciągle się pogarszał i gdy on sam czuł, że zbliża się jego koniec, poprosił o przeniesienie do klasztoru, gdyż chciał umrzeć w klasztorze. Umieszczono go w pobliskim opactwie cystersów w Fossanuowa, co stało się zresztą źródłem gorszącego sporu o zwłoki Tomasza. U cystersów przebywał Tomasz kilka dni, legendy mówią nawet, że jeszcze na łożu śmierci podyktował krótki komentarz do pieśni nad pieśniami, ale rankiem 7 marca 1274 roku zmarł. Początkowo został pochowany przed głównym ołtarzem kościoła opactwa, ale po kilku dniach (dla bezpieczeństwa) został przeniesiony do kaplicy na terenie opactwa, by po paru miesiącach (podobno w wyniku interwencji samego Tomasza, który przyśnił się przeorowi Fossanova) wrócić z powrotem do kościoła. Cystersi jeszcze dwa razy ekshumowali ciało Tomasza, przy okazji pozbawiając je głowy, aż wreszcie wygotowali, aby jak najmniej oddać dominikanom. Gdy ci wreszcie w 1369 r. odebrali to, co pozostało po Tomaszu (28 stycznia), umieścili w swoim konwencie w Tuluzie. Podczas rewolucji relikwie z zagrożonego kasatą klasztoru przeniesiono do pobliskiego kościoła, z którego w 1974 r. przeniesiono je do nowego konwentu dominikanów w tej samej Tuluzie.

Dokładnie 3 lata po śmierci Tomasza, 7 marca 1277 roku biskup Paryża i zarazem kanclerz Uniwersytetu Paryskiego, Stefan Tempier, ogłaszając potępienie arystotelizmu zawarł w nim szereg tez Tomasza, przede wszystkim tezę o Bogu jako czystym esse. Pewne poszlaki wskazują na to, że inspiratorem potępień był znany logik Piotr Hiszpan, który rok wcześniej zasiadł na stolicy Piotrowej jako Jan XXI. Kilkanaście dni po potępieniu paryskim przyłączył się do niego arcybiskup Canterbury i kanclerz uniwersytetu w Oksfordzie, Robert Kildwarby, dołączając „od siebie” do zespołu potępionych poglądów Tomasza niektóre jego tezy antropologiczne. („Smaczku” całej sprawie dodaje fakt, że Kildwarby był dominikaninem). W Paryżu rozprawiono się z uczniami Tomasza i nawet wśród dominikanów na uniwersytecie zapanowała atmosfera niepewności pomimo, że zakon stanął twardo w obronie Tomasza, którego zaczęto tam nazywać Doktorem Anielskim (Doctor Angelicus). Franciszkanie rozpoczęli przygotowywanie edycji poprawionych dzieł Tomasza – tzw. Correctoria fratris Thomae (Wilhelm de la Mare) i nawet zalecali na swoich kapitułach, aby z nich uczyć filozofii.

Bezpośrednio po śmierci Tomasza na Uniwersytecie Paryskim poglądy Akwinaty usiłował upowszechniać jego późny uczeń, Idzi Rzymianin (Aegidius Romanus), który prawdopodobnie słuchał wykładów Akwinaty w latach 1269-1272. Od roku 1276, jako tzw. sentencjariusz (wykładowca Sentencji Piotra Lombarda) zaczął głosić tezę o realnej różnicy w bycie pomiędzy istnieniem i istotą, uznając za jej autora Tomasza z Akwinu oraz podkreślając, że jest to kluczowa teza metafizyczna. Poglądy te wyraził w swoim opusculum pt. Theoremata de esse et essentia. Nauczanie na temat realnej różnicy stało się na tyle głośne na Uniwersytecie Paryskim, że pod koniec 1276 roku zaatakował je w swoim adwentowym kwodlibecie Henryk z Gandawy (+1293), mistrz wydziału teologicznego, radykalny augustynik, uznany przez historyków filozofii za twórcę tzw. drugiej szkoły augustyńskiej. Idzi wywołał Henryka na dysputę, która odbyła się na samym początku 1277 roku. Z zachowanego reportatio wynika, że Henryk, dojrzały i wytrawny mistrz uniwersytecki, dobrze radził sobie w tej dyskusji, a młody Rzymianin nadrabiał napastliwością. Być może opanowanie Henryka brało się z faktu, że już wiedział, iż niebawem biskup Paryża i kanclerz uniwersytetu wyda potępienie szeregu tez Tomasza z Akwinu (7 marca 1277). I wprawdzie teza o złożeniu bytu z istnienia i istoty nie znalazła się w paryskim wykazie tez potępionych, to jednak biskup wezwał Idziego do odwołania głoszonych poglądów. Prawdopodobnie Idzi odmówił, w wyniku czego został usunięty z uniwersytetu i wrócił do rodzinnego Rzymu. Wszystkie te wydarzenia ugruntowały tylko sławę Idziego jako jedynego „prawdziwego” interpretatora i obrońcy filozofii Tomasza z Akwinu. W ten sposób teza Idziego o realnej różnicy pomiędzy istnieniem i istotą stanie się charakterystyczną tezą tomistyczną.

Problem polega jednak na tym, że Idzi dość mocno zniekształca ujęcia Tomasza. Wydaje się, że w parze z dostrzeżeniem doniosłości problematyki esse szło też niedokładne jej zrozumienie. Władysław Seńko słusznie jednak zauważa, że „deformując bezwiednie Tomaszowe pojęcie esse Idzi Rzymianin był przynajmniej świadom oryginalności filozofii Tomasza i kluczowego miejsca esse w jego systemie”. Otóż Idzi, starając się, jak sam mówi, rozwijać poglądy Tomasza, kładzie nacisk na odróżnienie istnienia i istoty w bycie podczas, gdy Akwinata wolał akcentować w bycie ich złożenie. Akcentując to odróżnienie Idzi mówi, że jest to różnica realna (differentia realis). Nazwa zaś różnicy realnej pochodzi od słowa res – „rzecz”, wynika z tego, że istnienie i istota różniąc się realnie, różnią się jak dwie rzeczy (esse et essentia ut duo res). Rzecz zaś, czyli res, jest w łacinie synonimem słowa byt – ens. A zatem poznawany przez nas byt istniejący, złożony z istnienia i istoty stanowi strukturę swoiście relacyjną, gdyż jest związkiem dwóch innych bytów: istnienia i istoty. Opisując relację tak pojętych istnienia i istoty, Idzi skłaniał się ku rozwiązaniu Awicenny pisząc, że istnienie jest stworzoną przez Boga przypadłością istoty.

Henryk z Gandawy przeciwstawia Idziemu tradycyjną naukę o tożsamości istnienia i istoty w bycie, która stanie się odtąd znakiem rozpoznawczym tradycji augustyńskiej w sporze o rozumienie istnienia. Istnienie tożsame z istotą niczego do niej nie dodaje. Gdyby bowiem istnienie „przypadało” istocie, to czym byłaby ta istota przed otrzymaniem istnienia? Wobec tego istnienie i istota są tym samym w strukturze realnego bytu. Jednakże według Henryka rozumowo jesteśmy w stanie odróżnić istotę od istnienia, co wskazuje, że są to dwa różne pojęcia (intentiones). Poglądy te – nieco zmodyfikowane – będzie kontynuował Jan Duns Szkot (1266-1308).

Po potępieniach i usunięciu Idziego z Paryża ujęcia Henryka zatriumfowały. Wspominając w 1327 roku dysputę z 1276 Bernard Lombardi (XIII/XIV) pisze, że teza św. Tomasza była samotnie broniona przez Idziego Rzymianina, przeciwko któremu wystąpili zgodnie (concorditer) wszyscy mistrzowie Uniwersytetu Paryskiego. Nawet dominikanie, nominalnie uznający się za tomistów i broniący ujęć Tomasza w różnych innych kwestiach, w odniesieniu do problematyki istnienia woleli trzymać się bezpiecznych poglądów secundum illum de Gandavo jak wyznał jeszcze w 1310 roku dominikanin i uczeń św. Tomasza, Jan Stregacius (XIII/XIV) pisząc ad mentem Thomae swój komentarz do Sentencji Piotra Lombarda. Osiem lat po usunięciu z Paryża, Idzi Rzymianin wraca na uniwersytet, jednak coraz bardziej pochłania go filozofia społeczno-polityczna, w której był rzecznikiem supremacji papieskiej nad władzą świecką i w jakimś sensie uczestniczył w przygotowaniu pontyfikatu Bonifacego VIII. Sława Idziego, jako osamotnionego i odważnego obrońcy tez Tomasza z Akwinu ugruntowała się jednak do tego stopnia, że z czasem to jego, a nie Tomasza z Akwinu uznawano za autora odróżnienia istnienia i istoty w bycie tak, iż co wnikliwsi tomiści musieli się upominać o Tomaszowe autorstwo tezy o złożeniu bytu z istnienia i istoty. Te historyczne zawirowania spowodowały ostatecznie uznanie Idziego za wiernego ucznia Tomasza i bardzo długo przyjmowano, że w sprawie istnienia głosi z Akwinatą una opinio. Jeszcze angielski dominikanin, Tomasz Sutton (zm. po 1316) próbował korygować ujęcia Idziego w duchu samego Akwinaty. Sutton krytykuje więc zarówno Henryka z Gandawy oraz innych augustyników, negujących rozróżnienie istnienia i istoty w bycie, ale także Idziego Rzymianina za jego zniekształcenie tez Akwinaty. Z nieznanych nam jednak powodów, zapewne natury historyczno-geograficznej, poglądy Suttona nie oddziałały w takim stopniu, jak na to zasługiwały, a jego teksty niebawem włączono do corpusu dzieł Akwinaty i tkwiły tam do przełomu XIX i XX wieku.

Dalsze dzieje tomizmu dodatkowo skomplikowała rywalizacja zakonów. Franciszkanie uznali za swoją doktrynę najpierw Bonawentury, a potem Dunsa Szkota. Uważali więc za konieczne atakowanie ujęć Tomasza z Akwinu. Problem pojawiał się kiedy, jakiś mistrz franciszkański „prywatnie” uznawał jakieś twierdzenia św. Tomasza (np. Franciszek z Meyronnes). Odwrotna sytuacja była u dominikanów; kapituły generalne bezustannie zalecały trzymanie się nauki św. Tomasza i problem mogli mieć mistrzowie, którzy nie do końca podzielali poglądy Akwinaty (np. Idzi z Lessines, Bernard z Alverni, Bernard z Trilla, Jan Sterngacius i wielu innych). Tymczasem wielu mistrzów dominikańskich było arystotelikami, a tomistami o tyle o ile Akwinata trzymał się nauki Arystotelesa. Gdy od niej odchodził, jak np. w temacie esse, jako pierwszego aktu bytu, wtedy raczej podzielali zastrzeżenia Awerroesa wobec naruszania schematów metafizycznych Stagiryty (np. Wilhelm Petri z Godino, Ryszard Knapwell) .

18 lipca 1323 roku papież Jan XXII bullą Redemptionem misit ogłosił Tomasza świętym, a biskup Paryża Stefan Bourret odwołał potępienie z 1277. Kanonizacja nie przełożyła się jednak na większą popularyzację poglądów Tomasza. Dominikanie strzegli jego dzieł i napiętnowali zniekształcenia wprowadzone przez franciszkanów (Correctoria corruptorum fratris Thomae), ale trudno znaleźć wśród nich kontynuatorów Tomaszowej metafizyki. Nie jest to dziwne, gdy weźmie się pod uwagę, że swobodne głoszenie ujęć Akwinaty możliwe było dopiero po prawie pięćdziesięciu latach po jego śmierci – nieliczni uczniowie byli więc już bardzo zaawansowani w latach. Samych zresztą tych uczniów Tomasz miał niewielu, a gdy się zważy, że na jednej uczelni Akwinata jako mistrz przebywał nieprzerwanie najwyżej cztery lata (druga regensura paryska), to trudno się dziwić, ze nie pozostawił uczniów i kontynuatorów, bo cztery lata to zdecydowanie zbyt krótki czas, aby kogoś gruntowanie wykształcić.

Teologia Tomasza z Akwinu miała swoje „wielkie dni” na Soborze Trydenckim (1545-1563). Nieliczni teologowie tomiści z elitarnych środowisk naukowych (początkowo Rzym i Italia, potem Salamanka, Alcali, Coimbra), zaczęli ogrywać kluczową rolę, do tego stopnia, że niedługo po zamknięciu Soboru, papież św. Pius V (1504- 1572, pap. od 1566) ogłosił Tomasza Powszechnym Doktorem Kościoła (Doctor Communis), stawiając go tym samym obok największych Ojców Kościoła – Ambrożego z Mediolanu, Augustyna, Hieronima i Grzegorza Wielkiego. W 1570 roku Pius V nakazał publikację wszystkich dzieł Akwinaty (17 tomów tzw. editio piana). Przełożyło się to na upowszechnienie myśli Tomasza w okresie potrydenckim, jednak dotyczyło ono przede wszystkim jego teologii, w mniejszym zaś stopniu jego filozofii, natomiast najważniejsze tezy dotyczące struktury bytu nie funkcjonowały prawie w ogóle.

Kolejna próba odnowienia tomizmu, szczególnie zaś filozofii św. Tomasza, wiąże się z imieniem papieża Leona XIII (1810-1903, pap. od 1878), który w 1879 roku wydał encyklikę, zatytułowaną Aeterni Patris, apelującą o wznowienie studiów tomistycznych. Pierwszym i głównym celem wysiłku tomistów było jak najwierniejsze odczytanie myśli św. Tomasza zawartej w jego tekstach. Na tę lekturę tekstów Akwinaty nakładała się – z kolei – erudycja filozoficzna danego autora, jego metodologia oraz – niekiedy – pozafilozoficzne cele polemiczne, dydaktyczne, apologetyczne i.in. Szukano uzgodnienia filozofii Akwinaty z naukami przyrodniczymi i nowożytnymi kierunkami filozoficznymi. W tych poszukiwaniach jakby mniej zwracano uwagę na treść samych jego tekstów. Staranna analiza tych tekstów dopiero w połowie XX wieku zaowocowała powstaniem tomizmu egzystencjalnego. Twórcy tego tomizmu zdają się mieć jednak świadomość, że wspomniane analizy tekstów Tomasza to dopiero początek drogi. Owszem, nie można zbyt pochopnie przejść nad ich zawartością do porządku dziennego, dlatego badania historyczno-filozoficzne stanowią tak ważny segment tego tomizmu – w tekstach Akwinaty bowiem jest jeszcze wiele tematów filozoficznych, które czekają na swoje odkrycie. Jednak podstawowa nauka, jaka płynie z myśli Tomasza jest taka, że to byt jest kryterium poznania i wobec tego to wierność rzeczywistości, a nie tekstom, nawet tekstom św. Tomasza, stanowi najważniejszą cechę tomizmu. Warto dodać, że duży udział w tym odradzaniu tomizmu w XIX i XX wieku mieli filozofowie polscy.